摘要：围绕互作蛋白筛选研究场景，谱度众合提供IP-MS（客户IP产物送样）、IP-MS Pro（细胞/组织原始样本送样）、PL-MS邻近标记筛选（四种送样方案）及病毒宿主互作蛋白质组学解决方案，涵盖IP效果评估、互作蛋白筛选、动态互作组学三步进阶，覆盖样本处理、质谱检测、数据分析与候选清单交付全流程。

一、研究场景服务总览

不同课题组开展互作蛋白筛选的起点并不相同：有的已具备成熟的IP实验体系，有的希望从原始样本直接获得全流程服务，有的研究对象是弱/瞬时互作，有的则聚焦病毒-宿主互作。谱度众合针对不同研究场景，提供四大服务产品与多种送样模式，让研究者按需选择、按阶段介入。

表1 谱度众合互作蛋白筛选研究场景服务矩阵

二、IP-MS蛋白互作组学解决方案

IP-MS蛋白互作组学解决方案包含三项子项目，对应互作蛋白筛选研究的三步进阶：

（1）IP效果评估（预实验）：免费提供一次单样本质谱评估，基于样品中全蛋白和诱饵蛋白的质谱鉴定与定量数据，评估抗体特异性及IP富集效率，判断样品是否满足互作蛋白筛选或动态互作组学要求；不达标则提供优化方向并尽快止损，达标则保障正式实验成功率。

（2）互作蛋白筛选（正式实验）：以筛选准确性为目标，引入对照组设计，通过严谨对照与专研样本处理，利用组间定量差异（差异倍数>4）排除非特异性背景，直接交付候选互作蛋白清单，候选前十验证率可达50%以上。

（3）动态互作组学（多实验组）：在筛选互作蛋白基础上，以4种算法比较给药、敲除、疾病等不同条件下与诱饵蛋白结合强度的变化，锁定参与表型或干预的关键功能蛋白。

在服务模式上，支持两种选择：

（1）IP-MS模式：客户自行完成IP实验，提供IP产物（beads沉淀），谱度众合完成样本处理、质谱检测与数据分析。

（2）IP-MS Pro模式：客户提供细胞/组织等原始样本，谱度众合完成从IP实验到质谱检测及数据分析的全流程。

项目交付的8大分析内容：①IP效果评估；②蛋白定量数据概览与项目质控；③差异分析与互作蛋白筛选；④功能注释与富集分析；⑤蛋白互作网络分析；⑥公开数据库挖掘与整合（STRING、BioGRID）；⑦蛋白动态互作分析；⑧关键互作蛋白推荐。报告另附中英文材料方法，可直接用于论文撰写或补充材料。

表2 IP-MS服务送样要求

图1 IP-MS蛋白互作组学实验流程：实验组与对照组经亲和富集、质谱鉴定后进行数据分析（来源：IP-MS终端产品页）

三、PL-MS蛋白邻近表达筛选解决方案

邻近标记技术（Proximity Labeling）是近年来广泛使用的蛋白相互作用研究技术，其基本原理是将工具酶标签与目标蛋白融合，利用工具酶活性将生物素标记到目标蛋白临近的互作蛋白上，再通过亲和素－生物素的高度特异性结合纯化富集，经质谱检测分析鉴定目标蛋白的互作蛋白。

1.两类工具酶：生物素连接酶（BioID、BioID2、TurboID、miniTurbo、BirA等）可将生物素连接到临近蛋白的赖氨酸残基上；过氧化物酶可将生物素－苯酚连接到临近蛋白的酪氨酸残基上。

2.七步实验流程：①目标序列获取和质粒克隆构建；②基因编辑和细胞系构建；③细胞培养和临近标记；④生物素标记蛋白的亲和纯化富集；⑤蛋白提取和酶解；⑥质谱检测；⑦数据分析和互作网络构建。

3.四种服务方案（按介入阶段可选）：方案一·微珠样品服务（步骤⑤—⑦），客户提供亲和富集后的微珠样品；方案二·细胞样品服务（步骤④—⑦），客户提供完成临近标记的细胞样品；方案三·质粒样品服务（步骤②—⑦），客户提供目标基因质粒；方案四·基因/蛋白名服务（步骤①—⑦），客户仅提供基因名或蛋白名。

4.项目交付：构建细胞系（可选）与结题报告，报告涵盖高可信度候选互作蛋白清单、注释富集分析、蛋白互作数据库挖掘、互作网络构建、关键节点筛选以及不同条件下互作结合强弱的动态分析。

表3 PL-MS四种服务方案送样要求

图2 PL-MS邻近标记实验流程（来源：PL-MS终端产品页）

四、病毒宿主互作蛋白质组学解决方案

1.适用场景：病毒感染（可涵盖不同病毒株系、感染时间、感染剂量等条件）前后的细胞或动物组织等生物样品。

2.典型研究问题：病毒感染后宿主蛋白质组如何全局重塑；病毒挟持哪些宿主蛋白与信号通路完成生命周期；宿主抗病毒防御程序如何启动；病毒-宿主蛋白互作网络如何绘制。

3.实验设计：支持模拟感染对照、不同病毒株（野生型/突变株、强/弱毒株）比较、不同感染时间（潜伏期/裂解期/持续感染）与剂量梯度等多种分组设计，并可定制专属分析方案。

4.分析内容：全局蛋白质组概览、核心差异表达分析、多数据库功能富集（GO、KEGG、Reactome、WikiPathway、Pfam、亚细胞定位、转录因子、GSEA等）、蛋白互作网络分析（Viruses.STRING病毒-宿主互作数据库整合）、关键蛋白与核心通路推荐、关键蛋白多维特征分析。

5.送样要求：细胞样本不少于1×10^6（或细胞沉淀体积不少于10μL），动物组织不少于10mg；细胞实验每组至少3个生物学重复、动物实验每组至少5个生物学重复；样品-20℃以下低温冻存、干冰寄送，涉及传染性病原体样品须符合生物安全合规要求。

图3 病毒宿主互作蛋白质组学解决方案流程：从实验分组到数据分析（来源：病毒宿主互作解决方案）

【总结】从“自己做IP、送产物检测”到“送原始样本、全流程代做”，从亲和纯化（IP-MS）到邻近标记（PL-MS），再到面向病毒学的专项方案，谱度众合构建了覆盖互作蛋白筛选主要研究场景的服务矩阵，研究者可根据课题阶段与技术需求灵活选择服务入口。

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来源：公众号“谱度众合”